Cho tới gần đây thì tình trạng phân loại của chi Scylla đã từng khá lộn xộn. Theo dòng lịch sử, một vài nhà nghiên cứu đã từng miêu tả trên một loài. Estampador (1949a) đã sửa đổi chi này bằng cách sử dụng tập tính đào bới bùn đất, màu sắc, các đặc trưng hình thái và cấu trúc nhiễm sắc thể để công nhận 3 loài và 1 thứ trong chi Scylla có ở Philippines,[4] bao gồm: S. oceanica, S. tranquebarica, S. serrata và S. serrata var. paramamosain. Mức độ đa dạng như vậy trong phạm vi chi này đã được hỗ trợ trong các bài báo của Serene (1952, trích dẫn trong Keenan và ctv. 1998),[5] là người đã công nhận 4 dạng cua Scylla trong số các mẫu vật thu thập tại Việt Nam, dựa trên sự phân bố gai và màu sắc. Kathirvel và Srinivasagam (1992a)[6] đã xem xét phân loại cua thuộc chi Scylla tại Ấn Độ, thông báo sự có mặt của ít nhất là 3 loài cua Scylla. Ngược lại, sự thiếu độ chắc chắn trong nhận dạng loài cũng làm cho nhiều tác giả đi theo phân loại của Stephenson và Campbell (1960), là các tác giả đã xác định rằng không có đủ chứng cứ để chia tách loài vượt quá thuật ngữ đơn loài S. serrata Forskal, 1775.[7]

Gần đây hơn, các nghiên cứu định lượng hình thái và allozym (dị enzym) đã chỉ ra sự hình thành loài trong phạm vi chi này.[8][9][10] Điều này đã được xác nhận trong sửa đổi phân loại chi Scylla thành 4 loài, S. serrata, S. tranquebarica, S. olivacea và S. paramamosain, dựa trên điện di allozym, xác lập trình tự ADN ti thể và phân tích định lượng hình thái.[5] Ngoài ra, nghiên cứu này cũng kết luận rằng 4 loài có thể chia tách dựa trên cơ sở các đặc trưng hình thái; hình dạng của các răng cửa, sự phân bố gai trên khối xương cổ chân (carpus) và cẳng chân (propodus) của chân kẹp (càng) và màu sắc. Tuy nhiên, các đặc trưng riêng lẻ là biến đổi trong phạm vi loài và cần được sử dụng kết hợp cùng nhau để tránh gây nhầm lẫn. Khả năng phân biệt một cách phù hợp cả bốn loài thông qua các đặc trưng bên ngoài hiện nay đưa ra một cơ sở hợp lý để hiểu rõ hơn về sinh học, sinh thái học và quản lý chăn nuôi cho các loài cua này.

Các tài liệu liên quan tới chăn nuôi và sinh thái học cua Scylla chỉ ra rằng trong nhiều trường hợp thì việc nhận dạng các loài đã nghiên cứu vẫn là không chắc chắn, đặc biệt là trong các khu vực có sự xuất hiện của hơn một "loại" cua này. Điều này tạo ra khó khăn trong việc rút ra các kết luận chung từ các tài liệu và phần lớn các dữ liệu sinh học cũng như sinh thái học sẵn có cần phải được đánh giá lại một khi chúng được gán cho một loài cụ thể nào đó. Trong một vài trường hợp, có thể phải chia tách các dữ liệu lịch sử trong chăn nuôi nơi các tên gọi địa phương đã phân biệt các loài cùng khu vực phân bố. Chẳng hạn, điều này đã được thấy ở S. olivacea và S. paramamosain, được gọi là "cua lửa" và "cua sen" hay "cua xanh" trong lưu vực sông MêKông, Việt Nam.[11] Tình hình này ít gây ra vấn đề hơn trong một số khu vực, như vùng duyên hải phía đông châu Phi và Australia, những nơi dường như chỉ có loài S. serrata.